ILS SONT DE RETOUR - La saison 13 commence exactement là où nous l'avons quittée, avec Sam et Dean qui doivent se remettre après la perte de leur mère, la disparition de Crowley et la mort déchirante de Castiel. 
Christiner Barker.
Miriam.
Conrad.
Clark Barker.
Lily.Dans la chambre, Sam trouve Jack, qui a déjà le corps d'un jeune homme et qui le regarde en souriant avec des yeux d'or luminescents. A l'extérieur, Dean reste agenouillé près du corps sans vie de Castiel. Soudain, Dean finit par réaliser que Sam est encore à l'intérieur de la maison. Alors, il attrape son arme et court à l'intérieur. Dans le même temps, Jack demande à Sam s'il est son père, mais Sam lui répond que non. Dean fait irruption et sans hésiter, il se met à tirer sur Jack et manque sa tête de peu. Cette attaque met Jack en colère et il se met à crier, créant des ondes vibratoires puissantes qui envoient les Winchester valdinguer contre le mur, les mettant tous les deux k.o. Jack en profite pour s'en aller.
Après quelques heures, Dean se réveille d'un cauchemar dans lequel il voit Mary se faire consumer par les flammes. Les deux frères constatent la disparition de Jack et décident de partir à sa recherche avant que ce dernier ne blesse quelqu'un. Pendant ce temps, Jack s'arrête à un fast food sur le thème des pirates. Au drive-in, il demande à la caméra que son père apparaisse. Les deux adolescents qui travaillent là le voient et l'un d'eux, Clark, appelle sa mère, le shériff Christine Barker.
Tandis qu'ils recherchent Jack, les Winchester discutent de la marche à suivre vis à vis du néphilim. Dan pense qu'il faut le tuer, car il est persuadé que Jack finira par devenir mauvais. Sam n'en est pas convaincu, d'autant qu'il pense que Jack est la clé pour ouvrir la frontière entre les dimensions qui les séparent de leur mère.
Le shériff arrive au restaurant et quand elle constate que Jack se voit perturbé par son arme, elle la met de côté et lui assure qu'elle n'est pas là pour lui faire du mal, mais pour l'aider. Elle finit par le convaincre de la suivre au poste de police, en compagnie de Clark. Une fois au poste, elle le questionne sur ses parents après lui avoir fourni des vêtements propres. Jack lui explique qu'il est à la recherche de son père, alors que sa mère est au Paradis. Elle finit par comprendre qu'elle n'obtiendra aucune information utile et préfère prendre son empreinte digitale. Tandis qu'elle s'éloigne pour vérifier son empreinte dans la base de données, Clark, visiblement amusé par la situation, demande à Jack ce qu'il a pris pour être aussi torché. Jack ne comprend pas l'allusion et explique qu'il est par contre affamé.
Pendant ce temps, deux anges, aussi en recherche de Jack, visitent la maison où il est né et tombent sur les corps sans vie de Kelly Kline et de Castiel.
Sam et Dean s'arrêtent au fast-food des pirates et tandis que Sam va à l'intérieur, Dean décide d'appeler Jody afin qu'elle lance des recherches nationales pour retrouver Jack. A l'intérieur, une jeune femme visiblement saoule, embête le jeune employé en insistant pour avoir des frites. Quand Sam peut enfin interroger l'employé, il apprend que Jack est bien passé par ici et qu'il a été emporté par le shériff au poste. Il téléphone au shériff et se fait passer pour un agent du FBI. Le shériff lui confirme que Jack est avec elle et tandis qu'elle regarde les étranges empreintes du garçon elle demande à Sam de venir car elle a quelque chose à lui montrer.
Pendant ce temps, la jeune femme saoule vient discuter avec Dean, quand elle remarque qu'il a une main blessée. Elle lui demande s'il a cogné un mur et n'obtenant aucune réponse, elle commence à lui raconter l'histoire de Becky, une jeune colocataire qui l'avait tellement énervée, qu'elle avait frappé son poster de la Reine des Neiges, avant de brûler toutes ses affaires. Heureusement pour Dean, Sam finit par revenir et lui apprend où ils peuvent trouver Jack.
Au poste, les lumières commencent à clignoter de façon étrange. Investiguant les lieux, le shériff trouve son fils et Jack en train de dévorer des bonbons, dont du nougat, qui a la préférence de ce dernier. Le shériff demande à Clark ce qu'il se passe avec les lumières, alors Clark lui montre comment Jack peut utiliser ses pouvoirs pour obtenir les bonbons contenus par la machine. Tandis qu'il en fait la démonstration, Jack a soudainement très mal à la tête et se met à hurler en la tenant entre ses mains. Alors qu'il tente de sortir, la shériff essaie de l'arrêter. Mais Jack, noué par la douleur, perd le contrôle et la fait voltiger à travers la pièce, l’assommant ainsi. Au même moment, les Winchester arrivent au poste, et alors que Jack aperçoit Dean, il s'apprête à attaquer, mais Sam l'arrête grâce à un taser. Le shériff revenant à elle, elle assiste à la scène et comprend que Sam n'est pas du FBI. Elle le fait enfermer dans une cellule, avec Jack, pendant qu'elle interroge Dean. Ce dernier décide de lui dire la vérité ; Sam et lui sont des chasseurs de monstres et Jack est un néphilim, un être hybride, mi humain, mi ange.
Dans la cellule, Jack se réveille enfin. Il s'apprête à attaquer Sam, qand il le voit, mais Sam parvient à lui faire retrouver son calme. Jack explique qu'à travers la connexion qu'il avait avec sa mère, il est parvenu à intégrer la langue anglaise et a compris que le monde serait un endroit dangereux pour lui et que cela nécessitait qu'il grandisse plus vite. Quand Jack pose des questions sur son père, Sam pense qu'il parle de Lucifer, mais Jack révèle que son père est Castiel, pour lui, car sa mère lui a toujours dis que Castiel veillerait sur lui. Malheureusement, Sam doit lui appprendre que Castiel est mort.
Pendant ce temps, la jeune femme bourrée, appelée Miriam, arrive au poste, en compagnie des deux autres anges qui cherchaient Jack, pendant que Clark se fume tranquillement un joint. Tandis que Dean, de retour avec Sam, lui explique que le shériff a plutôt bien pris son discours sur la chasse aux monstres, ils entendent Clark crier à l'aide. Tandis qu'il enquête avec le shériff, ils découvrent que Miriam détient Clark et menace de le tuer, à moins que le shériff ne tire sur Dean. Les deux autres anges retrouvent Jack dans la cellule dans laquelle il est enfermé, et avertissent Miriam qu'ils l'ont retrouvé. Miriam poignarde alors Clark et aussitôt, une bagarre éclate entre elle et Dean. Tandis qu'elle se bat contre le chasseur, elle explique que Jack est le ticket gagnant, car il peut presque tout faire. Dans le même temps, Sam tente de protéger Jack des anges, mais ces derniers ont le dessus, jusqu'à ce que Sam parvienne à tracer un sigil sur le mur avec le sang qui coule de son nez, bannissant ainsi les deux anges.
Arrivée à la cellule, Miriam semble battue par les deux Winchester. Mais tandis qu'elle fait semblant de se rendre, elle poignarde Jack au cœur, clamant que si elle ne peut avoir le néphilim, personne ne l'aura. Sam la tue avec l'une des épées laissée par les deux autres. Heureusement, Jack est indemne, le coup ne lui ayant causé aucun dommage.
Après la cohue, Clark est conduit à l'hôpital, sa mère à ses côtés. Sam dit à Dean qu'il pense que le mieux serait de ramener Jack avec eux au bunker. Dean accepte, parce que s'il pense toujours que Jack finira par se laisser emporter par le Mal, au moins au bunker, il ne pourra blesser personne d'autre qu'eux. Après quoi, ils retournent à la cabane afin de donner une sépulture décente à Kelly et à Castiel. Sam n'est pas convaincu qu'il faille brûler le corps de Castiel, au cas où ce dernier reviendrait à nouveau. C'est à ce moment que Dean révèle à son frère qu'il a prié Dieu de toutes ses forces, sans jamais obtenir de réponses. Aussi, il pense que son ami, cette fois, ne reviendra pas. Alors, Jack, Dean et Sam, se tiennent ensemble près du bûcher où les corps de Castiel et de Kelly sont emportés par les flammes et là, ils leur disent un dernier aurevoir.
Dans le monde apocalyptique, Mary tente d'échapper à Lucifer, mais celui-ci la retrouve très rapidement, car comme il le lui rappelle, il peut se téléporter. Mary se résigne et s'attend à ce qu'il la tue. Lucifer lui fait croire qu'il en a l'intention, en manquant de la faire empaler sur un pieu, mais il la sauve à temps, lui expliquant qu'il pourrait finalement avoir besoin d'elle.
